當納稅人由核定征收轉(zhuǎn)為查賬征收后，為降低風險，減少損失，在年度匯算清繳時應(yīng)當對核定征收期間結(jié)轉(zhuǎn)過來的成本費用一一進行合法性、真實性、配比性分析，對在核定征收期間虛增或者應(yīng)轉(zhuǎn)未轉(zhuǎn)、少轉(zhuǎn)的成本費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除。
權(quán)責發(fā)生制和收入與成本費用配比是在查賬征收企業(yè)所得稅（以下簡稱查賬征收）情況下確認收入與成本費用的基本原則，而在按收入總額核定定率和按核定定額征收企業(yè)所得稅（以下統(tǒng)稱核定征收）的情況下，其成本費用支出額、扣除額都是不真實的，因此，當納稅人由核定征收轉(zhuǎn)為查賬征收后，為降低風險，減少損失，在年度匯算清繳時應(yīng)當對核定征收期間結(jié)轉(zhuǎn)過來的成本費用一一進行合法性、真實性、配比性分析，對在核定征收期間虛增或者應(yīng)轉(zhuǎn)未轉(zhuǎn)、少轉(zhuǎn)的成本費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除，具體內(nèi)容如下：
1．已列支應(yīng)扣除未扣除的成本費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除。如在核定征收期間未提足的固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)、生物資產(chǎn)折舊以及商品生產(chǎn)或者購進成本、開辦費、新產(chǎn)品新技術(shù)研究開發(fā)費及其加計扣除部分、待攤費用、廣告和業(yè)務(wù)宣傳費、職工教育經(jīng)費支出等等。
2．虛列的成本費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除。包括無憑證和以非法憑證列支的成本費用，如白條、非法**和不符合規(guī)定的**、非資產(chǎn)評估機構(gòu)出具的評估報告等等。
3．應(yīng)列支未列支的期間費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除。包括已開具**未列支和實際業(yè)務(wù)已發(fā)生但未開具**也未列支兩部分，如：管理費用、銷售費用、財務(wù)費用以及應(yīng)由已售出貨物或已提折舊負擔的應(yīng)記入成本的采購費用、運輸費用、維護維修費用等等。
4．遺留事項，包括以下內(nèi)容：
?。?）對外投資應(yīng)分配未分配的虧損、待處理損失（含2009年以前發(fā)生的尚未處理的權(quán)益性股權(quán)投資損失）。
?。?）未抵免的從其直接或者間接控制（20%以上股份）的外國企業(yè)分得的來源于中國境外的股息、紅利等權(quán)益性投資收益已由外國企業(yè)在境外實際繳納的所得稅稅額中屬于該項所得負擔的部分。
?。?）應(yīng)繳未繳的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費、補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費、工傷保險費、生育保險費等基本社會保險費和住房公積金。
因此，除上述之外，在保證結(jié)轉(zhuǎn)的成本、費用合法、準確、及時，并在核定征收期間已足額扣除的情況下，結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期的下列成本費用準許在所得稅前扣除：
1．固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)、生物資產(chǎn)折舊。
2．原材料、庫存商品以及在產(chǎn)品成本。
3．超過扣除限額后結(jié)轉(zhuǎn)的職工教育經(jīng)費支出。
4．超過扣除限額后結(jié)轉(zhuǎn)的廣告費和業(yè)務(wù)宣傳費。
5．2008年1月1日前按照原企業(yè)所得稅法規(guī)定計提的各類準備金，轉(zhuǎn)為查賬征收后，未經(jīng)財政部和國家稅務(wù)總局核準的，企業(yè)實際發(fā)生的相應(yīng)損失，應(yīng)先沖減各項準備金余額，然后再按稅法規(guī)定記入當年損益。
6．居民企業(yè)來源于中國境外的應(yīng)稅所得以及非居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立機構(gòu)、場所取得發(fā)生在中國境外但與該機構(gòu)、場所有實際聯(lián)系的應(yīng)稅所得已在境外繳納的所得稅稅額，已按規(guī)定抵免后需要在以后五個年度內(nèi)用每年度抵免限額抵免當年應(yīng)抵稅額后的余額抵補且未超過抵免期限應(yīng)抵免的數(shù)額。
